人類基因組測序
全基因組測序(Whole
genome sequencing)是利用高通量測序平臺對人類不同個體或群體進
行全基因組測序,並在個體或群體水準上進行生物資訊分析。可全面挖掘DNA 水準的遺傳變異,為篩選疾病的致病及易感基因,研究發病及遺傳機制提供重要資訊。
|
技術平台
HiSeq X
讀長:PE150 通量:1.8T / RUN 定序時間:3天 |
人類基因體重測序生資分析
癌症人類全基因體定序生資服務流程圖
標準生資分析
1. Data quality control: filtering reads containing adapter or with low quality 2. Alignment with reference genome, statistics of sequencing depth and coverage 3. SNP/ CNV/InDel/SV calling, annotation and statistics 4. Somatic SNP/ CNV/InDel/SV calling, a nnotation and statistics (paired tumor samples)
高級生資分析(單基因疾病)
1. 篩選的突變過已知數據庫(dbSNP,1000 Genome) 2. 篩選的變異保留編碼區或剪切位點區的變異位點 3. 胺基酸保守性預測(SIFT和Polyphen軟體預測) 4. 非編碼區Encode/miRbase 註解 |
高級生資分析(癌症)
1. 癌基因/抑癌基因/易感基因篩查 2. 癌組織純度分析/倍性分析 3. 突變特徴分析 突變率、突變頻譜、突變上下文(SNV/InDel) CHV特徵分析 LOH分析 4. 腫瘤驅動基因分析 驅動突變預測 驅動基因預測 5. 高頻突變基因分析(大於20個樣本能做) 6. 通路富集分析 7. 非編碼區Encode/miRbase 註解 |
生資分析實例
人類基因組定序建庫流程
SNP分析檢測結果
SNP檢測結果基因體不同區域SNV數量
SNP檢測結果基因體不同區域SNV數量
基因組不同類型SNV分析圖
癌症體細胞全景突變個性化展示圖(高級生資分析)
人類全基因體重測序常見問題
問題:人類全基因體重定序的優勢是什麼?
與外顯子組及RNA定序技術相比,技術流程簡單而成熟,易操作,易實現;與外顯子組及目的地區域捕獲技術相比,可全面挖掘各種遺傳變異,特別是一些大的 結構變異(倒置、易位、拷貝數變異),在全基因體範圍內尋找與疾病或功能相關的位點;與傳統晶片分型技術相比,可發掘新的和稀有的變異。
問題:人類全基因體重定序一般推薦多少 × 定序深度?
定序深度根據研究目的、樣本量及合作夥伴的預期而定。30×定序深度左右即可鑒定絕大部分SNP,但如果客戶的研究目的是找癌組 織中較大的結構變異,建議深度定序(一般至少50×以上);群體重定序可以使用較低深度定序(~10×),用群體分析策略尋找相關變異。
問題:人類全基因體重定序應用在哪些方面?
疾病研究:全基因體範圍內搜尋疾病相關候選位元點或區域,特別適合於有較少分子研究基礎疾病類型的,或研究大的結構變異的情況;人類進化、比較基因體學等的研究:可利用全基因體的基因資訊全面進行種族進化、種族特異性基因及區域的篩選。
與外顯子組及RNA定序技術相比,技術流程簡單而成熟,易操作,易實現;與外顯子組及目的地區域捕獲技術相比,可全面挖掘各種遺傳變異,特別是一些大的 結構變異(倒置、易位、拷貝數變異),在全基因體範圍內尋找與疾病或功能相關的位點;與傳統晶片分型技術相比,可發掘新的和稀有的變異。
問題:人類全基因體重定序一般推薦多少 × 定序深度?
定序深度根據研究目的、樣本量及合作夥伴的預期而定。30×定序深度左右即可鑒定絕大部分SNP,但如果客戶的研究目的是找癌組 織中較大的結構變異,建議深度定序(一般至少50×以上);群體重定序可以使用較低深度定序(~10×),用群體分析策略尋找相關變異。
問題:人類全基因體重定序應用在哪些方面?
疾病研究:全基因體範圍內搜尋疾病相關候選位元點或區域,特別適合於有較少分子研究基礎疾病類型的,或研究大的結構變異的情況;人類進化、比較基因體學等的研究:可利用全基因體的基因資訊全面進行種族進化、種族特異性基因及區域的篩選。