Metagenome 微生物 宏基因組定序
Metagenome 指特定生活環境中全部微小生物遺傳物質的總和, 它包含了可培養的和未可培養的微生物的基因, 目前主要指環境樣品中的細菌和真菌的基因組總和。通常可以利用細菌的16S或真菌的18S rDNA鑑定出在樣品當中組成的群落種類與數量，這是因為在16S或18S rDNA中具有一些高度變異序列的區域，我們可以將這些特定區域序列視為代表該菌種的Tag，透過NGS大量獲得Tag資訊後再利用相似度將序列分群，我們稱之為OTU (Operational Taxonomic Units)分析，將序列與資料庫進行比對後，就可以獲得該樣品中菌種的組成與數量之概況。
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Mitogenome粒線體全基因組測序服務
粒線體是真核細胞的一種胞器，有它自己的基因組，編碼胞器的一些蛋白質。除了少數低等真核生物的粒線體基因組是線狀DNA分子外(如纖毛原生動物以及綠藻等)，一般都是一個環狀DNA分子。由於一個細胞裡有許多個粒線體，而且一個粒線體裡也有幾份基因組拷貝，所以一個細胞裡也就有許多個粒線體基因組。不同物種的粒線體基因組的大小相差懸殊。哺乳動物的粒線體基因組最小，果蠅和蛙的稍大，酵母的更大，而植物的粒線體基因組最大。人、小鼠和牛的粒線體基因組全序列已經測定，都是16.5 kb左右。植物細胞的粒線體基因組的大小差別很大，最小的為100kb左右，大部分由非編碼的DNA序列組成，且有許多短的同源序列，同源序列之間的DNA重組會產生較小的亞基因組環狀DNA。 粒線體基因組能夠單獨進行複製、轉錄及合成蛋白質，但這並不意味著粒線體基因組的遺傳完全不受核基因的控制。粒線體自身結構和生命活動都需要核基因的參與並受其控制，說明真核細胞內儘管存在兩個遺傳系統，一個在細胞核內，一個在細胞質內，各自合成一些蛋白質和基因產物，造成了細胞核和細胞質對遺傳的相互作用。在分子生物學研究方面，其不僅是研究DNA 結構與複製轉錄的良好模型，也是研究真核細胞核酸與蛋白質合成的模型系統。此外，粒線體基因組作為一種分子標記，廣泛應用於動物界不同等級系統發育的研究。力鈞生物採用最新生物資訊軟體，可以直接由genomic DNA測序結果中組裝完整粒線體基因體序列。
魚類粒線體完整序列示意圖
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螺類粒線體完整序列示意圖
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利用生物訊息程式組裝完整粒線體序列
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樣品要求 完整性佳的genomic DNA
1) 樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間。
2) 樣品濃度：最低濃度不低於100 ng/µl。
3) 樣品總量：每個樣品總量不少於1 µg。
4) 樣品溶劑：建議溶解在H2O或TE (pH 8.0)中。
1) 樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間。
2) 樣品濃度：最低濃度不低於100 ng/µl。
3) 樣品總量：每個樣品總量不少於1 µg。
4) 樣品溶劑：建議溶解在H2O或TE (pH 8.0)中。
力鈞生物葉綠體基因組測序服務
葉綠體基因組是獨立于核基因組外的胞器基因組，具有單獨的轉錄和轉譯系統。葉綠體基因組大小不足核基因組的萬分之一，但在每個細胞的拷貝數介於1,000～10,000，平均大小介於120～180 kb，是一個環形的雙鏈結構，主要為母系遺傳。葉綠體基因組主要結構為 Large Single-Copy (LSC)、 Small Single-Copy (SSC) region 與兩個重複序列區 Inverted Repeats (IRA& IRB)。葉綠體基因組序列高度保守，近年來被廣泛應用於植物DNA barcoding與物種進化分析。其中常被用來進行DNA barcoding的區段有rbcL (1400bp), trnL-trnF (250-800bp), atpB-rbcL (1000bp), trnL intron (300bp), matK (2600bp), trnT-trnL (400-800bp), 16S (1400bp)與 rpoC (3600bp)等等。
截至今日為止(2014年九月)，已經有1,204 種完整葉綠體基因組被公布於NCBI database，相較之下目前已有多達38,778 種完整粒線體基因組被公布於NCBI database中。主要原因是植物葉綠體基因組較一般動物粒線體基因組大了約10倍，傳統利用Sanger定序法或是BAC/fosmid定序法效率較低，造成完整葉綠體基因組解析進度較慢。力鈞生技公司採用最新NGS定序法，利用Illumina/Roche454定序儀配合優化後的de novo組裝程式，可以快速解析出如藻類、裸子植物與被子植物的完整葉綠體基因組 (70-200kb)。對於研究植物演化與利用葉綠體進行遺傳工程等相關研究有極大的助益。
截至今日為止(2014年九月)，已經有1,204 種完整葉綠體基因組被公布於NCBI database，相較之下目前已有多達38,778 種完整粒線體基因組被公布於NCBI database中。主要原因是植物葉綠體基因組較一般動物粒線體基因組大了約10倍，傳統利用Sanger定序法或是BAC/fosmid定序法效率較低，造成完整葉綠體基因組解析進度較慢。力鈞生技公司採用最新NGS定序法，利用Illumina/Roche454定序儀配合優化後的de novo組裝程式，可以快速解析出如藻類、裸子植物與被子植物的完整葉綠體基因組 (70-200kb)。對於研究植物演化與利用葉綠體進行遺傳工程等相關研究有極大的助益。
將基因組短讀序對參考基因進行mapping, 可以得到覆蓋度高的完整葉綠體基因組
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植物葉綠體基因組的典型結構
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樣品要求 完整性佳的chloroplast DNA or genomic DNA or 新鮮植物組織(含有葉綠體部分)
1) 樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間。
2) 樣品濃度：最低濃度不低於100 ng/µl。
3) 樣品總量：每個樣品總量不少於1 µg。
4) 樣品溶劑：建議溶解在H2O或TE (pH 8.0)中。
1) 樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間。
2) 樣品濃度：最低濃度不低於100 ng/µl。
3) 樣品總量：每個樣品總量不少於1 µg。
4) 樣品溶劑：建議溶解在H2O或TE (pH 8.0)中。
細菌基因體定序服務
隨著細菌基因體研究的迅速發展，全基因體定序已逐步成為微生物基礎研究的重要手段之一。新一代高通量定序技術大大減少了基因體定序的成本和時間，讓更多實驗室可以開展微生物基因體定序專案。
根據不同的研究目的和定序要求，細菌基因體定序可分為三種類型：細菌基因體Scanning、細菌基因體精細圖和細菌基因體完成圖。力鈞生物靈活應用Roche 454 長片段定序、Illumina 短片段高覆蓋定序，結合454雙末端定序(Paired-End)及Illumina末端配對定序(Mate-Pair Sequencing)技術，針對不同的基因體定序類型，提供專業、合理、高性比的定序服務。
力鈞優勢:
1. 擁有標準化操作實驗室和高通量定序技術平台，實驗週期短，品質可靠。
2. 利用ABI3730xl常規定序平台、Roche 454 FLX + 高通量定序平台和HiSeq 2500高通量定序平台，三種平台聯合應用，優勢互補，在細菌基因體定序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技術人員經驗豐富，每年完成數百個BAC全長定序、幾十個微生物基因體定序的Gap Closing工作。
4. 擁有專業的生物資訊團隊和大型電腦，可以為合作夥伴提供個性化的生物資訊分析服務。
細菌基因體Scanning
採用Illumina PE定序技術，對基因組進行100×深度定序，根據序列組裝結果，以獲取基因體序列資訊。
我們的保證
基因體覆蓋度大於95%，基因區覆蓋度達到98%以上，單鹼基錯誤率低於十萬分之一。
根據不同的研究目的和定序要求，細菌基因體定序可分為三種類型：細菌基因體Scanning、細菌基因體精細圖和細菌基因體完成圖。力鈞生物靈活應用Roche 454 長片段定序、Illumina 短片段高覆蓋定序，結合454雙末端定序(Paired-End)及Illumina末端配對定序(Mate-Pair Sequencing)技術，針對不同的基因體定序類型，提供專業、合理、高性比的定序服務。
力鈞優勢:
1. 擁有標準化操作實驗室和高通量定序技術平台，實驗週期短，品質可靠。
2. 利用ABI3730xl常規定序平台、Roche 454 FLX + 高通量定序平台和HiSeq 2500高通量定序平台，三種平台聯合應用，優勢互補，在細菌基因體定序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技術人員經驗豐富，每年完成數百個BAC全長定序、幾十個微生物基因體定序的Gap Closing工作。
4. 擁有專業的生物資訊團隊和大型電腦，可以為合作夥伴提供個性化的生物資訊分析服務。
細菌基因體Scanning
採用Illumina PE定序技術，對基因組進行100×深度定序，根據序列組裝結果，以獲取基因體序列資訊。
我們的保證
基因體覆蓋度大於95%，基因區覆蓋度達到98%以上，單鹼基錯誤率低於十萬分之一。
