lncRNA 定序服務 長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA）
Hiseq 2500 / Hiseq 4000 PE125 / PE150 定序深度: 6G / 8G / 10G
產品簡介
長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA）是一類長度大於200bp，不編碼蛋白的RNA，廣泛存在於生物體內。lncRNA定序1可選擇採用去除rRNA或DSN真核生物全轉錄組建庫的方法進行文庫構建，利用高通量定序1技術，一次性獲得單鹼基分辨率的lncRNA序列生資，依托強大的生物生資分析平台，鑑定已知lncRNA，並預測新的lncRNA及其靶標。
長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA）是一類長度大於200bp，不編碼蛋白的RNA，廣泛存在於生物體內。lncRNA定序1可選擇採用去除rRNA或DSN真核生物全轉錄組建庫的方法進行文庫構建，利用高通量定序1技術，一次性獲得單鹼基分辨率的lncRNA序列生資，依托強大的生物生資分析平台，鑑定已知lncRNA，並預測新的lncRNA及其靶標。
標准生資分析
1)定序1數據過濾和質量評估（過濾過程中去除核醣體rRNA和tRNA序列）；
2)比對參考序列（比對統計、定序1隨機性評估、比對上序列在染色體的分佈、比對上序列在基因區域的分佈、比對結果可視化）；
3)鑑定mRNA編碼序列；
a)mRNA的表達量估計（表達量分佈，樣品聚類）；
b)差異表達分析（有分組）；
c)差異基因GO，KEGG功能註釋；
4)序列拼接組裝；
5)可變剪切分析（可變剪切事件分類統計，新轉錄本預測）；
6)變異分析；
7)Novel lncRNA鑑定；
8)lncRNA特徵分析（lncRNA長度分佈統計，外顯子個數分佈統計，mRNA與lncRNA特徵比較）；
9)lncRNA保守性分析（位點保守性，序列保守性）；
10)lncRNA表達水平分析；
a)lncRNA表達量估計（表達量分佈，樣品實驗聚類）；
b)差異表達分析（有分組）。
11)lncRNA功能分析：
a)已知lncRNA的GO，KEGG功能註釋；
b)novel lncRNA的Cis作用靶標預測及功能註釋；
c)novel lncRNA的Trans靶標預測及功能註釋（多樣本數據，樣本數>3）；
d)差異LncRNA與靶基因調控網絡分析（多樣本數據，樣本數>3）；
e) lncRNA組織專一性分析。
1)定序1數據過濾和質量評估（過濾過程中去除核醣體rRNA和tRNA序列）；
2)比對參考序列（比對統計、定序1隨機性評估、比對上序列在染色體的分佈、比對上序列在基因區域的分佈、比對結果可視化）；
3)鑑定mRNA編碼序列；
a)mRNA的表達量估計（表達量分佈，樣品聚類）；
b)差異表達分析（有分組）；
c)差異基因GO，KEGG功能註釋；
4)序列拼接組裝；
5)可變剪切分析（可變剪切事件分類統計，新轉錄本預測）；
6)變異分析；
7)Novel lncRNA鑑定；
8)lncRNA特徵分析（lncRNA長度分佈統計，外顯子個數分佈統計，mRNA與lncRNA特徵比較）；
9)lncRNA保守性分析（位點保守性，序列保守性）；
10)lncRNA表達水平分析；
a)lncRNA表達量估計（表達量分佈，樣品實驗聚類）；
b)差異表達分析（有分組）。
11)lncRNA功能分析：
a)已知lncRNA的GO，KEGG功能註釋；
b)novel lncRNA的Cis作用靶標預測及功能註釋；
c)novel lncRNA的Trans靶標預測及功能註釋（多樣本數據，樣本數>3）；
d)差異LncRNA與靶基因調控網絡分析（多樣本數據，樣本數>3）；
e) lncRNA組織專一性分析。
樣品要求
去除rRNA方法建庫測序樣品要求
1)樣品類型：去蛋白並進行DNase處理後的完整總RNA；
2)樣品需求量：人、大鼠、小鼠樣品Total RNA≥2 μg，真核植物樣本（根、莖葉、花種子）樣品Total RNA≥ 5 μg；
3)樣品濃度：≥200 ng/μl；
4)樣品純度：OD260/280=1.8~2.2，OD260/230=1.8~2.2，動物樣本RIN≥7.0，植物樣本RIN≥6.5，28S:18S≥1.0。
DSN 全轉錄組方法建庫測序樣品要求
1)樣品類型：去蛋白並進行DNase處理後的完整總RNA；
2)樣品需求量：2 μg；
3)樣品濃度：≥100 ng/μl；
4)樣品純度：OD260/280=1.8~2.2，OD260/230=1.8~2.2，RIN≥7.0，28S:18S≥1.0（昆蟲樣本無此指標）。
去除rRNA方法建庫測序樣品要求
1)樣品類型：去蛋白並進行DNase處理後的完整總RNA；
2)樣品需求量：人、大鼠、小鼠樣品Total RNA≥2 μg，真核植物樣本（根、莖葉、花種子）樣品Total RNA≥ 5 μg；
3)樣品濃度：≥200 ng/μl；
4)樣品純度：OD260/280=1.8~2.2，OD260/230=1.8~2.2，動物樣本RIN≥7.0，植物樣本RIN≥6.5，28S:18S≥1.0。
DSN 全轉錄組方法建庫測序樣品要求
1)樣品類型：去蛋白並進行DNase處理後的完整總RNA；
2)樣品需求量：2 μg；
3)樣品濃度：≥100 ng/μl；
4)樣品純度：OD260/280=1.8~2.2，OD260/230=1.8~2.2，RIN≥7.0，28S:18S≥1.0（昆蟲樣本無此指標）。
案例一
長非編碼RNA/mRNA基因對在胚胎幹細胞中的趨異性轉錄[1]
長鏈非編碼RNA（lncRNA）在細胞調控、發育、疾病的發生等過程中起著非常重要的作用。胚胎幹細胞是一種廣泛用於研究發育早期階段細胞轉錄調控的模式系統。本研究提取人胚胎幹細胞（hESCs）和鼠胚胎幹細胞（mESCs）的RNA，構建mRNA文庫。同時用H3K4me3和H3K27Ac抗體分別對人胚胎幹細胞和鼠胚胎幹細胞進行免疫共沉澱實驗，得到的DNA構建文庫。所有文庫用Illumina GAII或HiSeq 2000測序。結果表明lncRNA和mRNA基因關聯分析發現絕大多數lncRNA基因與mRNA基因相鄰，其中大部分lncRNA（65%）的轉錄起始點在相應mRNA基因的活性啟動子上，lncRNA在此處向“上游”反向轉錄。隨著胚胎幹細胞開始分化為內胚層細胞，成對mRNA/lncRNA受到的調控是一致的，同時上調或下調，進一步證明了mRNA和lncRNA轉錄之間的關聯。
案例二
通過高通量測序首次研究水稻中的lncRNA [2]
該研究是中山大學生命科學學院和中山大學孫逸仙紀念醫院攜手，借助安諾優達高通量測序平台，對水稻授粉和出芽之後的花粉、雌蕊、種子樣本進行全轉錄組RNA分析（ssRNA-seq ）。結合已有的水稻RNA的測序數據，發現水稻的lncRNA與擬南芥和動物細胞內的lncRNA有著顯著區別，表現出極高的組織特異性和發育階段特異性。對一些有性生殖階段的lncRNA進行功能分析，發現其中一些lncRNA為內源性競爭RNA，削弱細胞內miR160、miR164的功能。值得注意的是，XLOC_057324作為眾多生殖相關lncRNA中的一種，和圓錐花序的發育和生殖能力緊密相關。通過數據的整理，建立了水稻相關lncRNA的插入突變庫
參考文獻
[1] SigovaAA, MullenAC, MolinieB, et al. Divergent transcription of long noncoding RNA/mRNA gene pairs in embryonic stem cells.PNAS, 2013, 110(8): 2876–2881.
[2]YuC Z, JianY L, ZY Li,Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice. Genome Biology, 2014, 5:512.
長非編碼RNA/mRNA基因對在胚胎幹細胞中的趨異性轉錄[1]
長鏈非編碼RNA（lncRNA）在細胞調控、發育、疾病的發生等過程中起著非常重要的作用。胚胎幹細胞是一種廣泛用於研究發育早期階段細胞轉錄調控的模式系統。本研究提取人胚胎幹細胞（hESCs）和鼠胚胎幹細胞（mESCs）的RNA，構建mRNA文庫。同時用H3K4me3和H3K27Ac抗體分別對人胚胎幹細胞和鼠胚胎幹細胞進行免疫共沉澱實驗，得到的DNA構建文庫。所有文庫用Illumina GAII或HiSeq 2000測序。結果表明lncRNA和mRNA基因關聯分析發現絕大多數lncRNA基因與mRNA基因相鄰，其中大部分lncRNA（65%）的轉錄起始點在相應mRNA基因的活性啟動子上，lncRNA在此處向“上游”反向轉錄。隨著胚胎幹細胞開始分化為內胚層細胞，成對mRNA/lncRNA受到的調控是一致的，同時上調或下調，進一步證明了mRNA和lncRNA轉錄之間的關聯。
案例二
通過高通量測序首次研究水稻中的lncRNA [2]
該研究是中山大學生命科學學院和中山大學孫逸仙紀念醫院攜手，借助安諾優達高通量測序平台，對水稻授粉和出芽之後的花粉、雌蕊、種子樣本進行全轉錄組RNA分析（ssRNA-seq ）。結合已有的水稻RNA的測序數據，發現水稻的lncRNA與擬南芥和動物細胞內的lncRNA有著顯著區別，表現出極高的組織特異性和發育階段特異性。對一些有性生殖階段的lncRNA進行功能分析，發現其中一些lncRNA為內源性競爭RNA，削弱細胞內miR160、miR164的功能。值得注意的是，XLOC_057324作為眾多生殖相關lncRNA中的一種，和圓錐花序的發育和生殖能力緊密相關。通過數據的整理，建立了水稻相關lncRNA的插入突變庫
參考文獻
[1] SigovaAA, MullenAC, MolinieB, et al. Divergent transcription of long noncoding RNA/mRNA gene pairs in embryonic stem cells.PNAS, 2013, 110(8): 2876–2881.
[2]YuC Z, JianY L, ZY Li,Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice. Genome Biology, 2014, 5:512.
