表觀遺傳學:Epigenetics,是指在基因組 DNA 序列沒有改變的情況下,基因的表達調控和 性狀發生了可遺傳的變化。 表觀遺傳的現象很多,已知的有 DNA 甲基化 (DNA methylation), 基因組印記(genomic impriting),母體效應(maternal effects),基因沉默(gene silencing), 核仁顯性,休眠轉座子啟動和 RNA 編輯(RNA editing)等。
全基因組甲基化測序:DNA 甲基化是指在 DNA 甲基化轉移酶的作用下,在基因組 CpG 二核苷酸的胞嘧啶 5'碳位共價鍵結合一個甲基基團。DNA 甲基化已經成為表觀遺傳學和表 觀基因組學的重要研究內容。甲基化是基因表達的主要調控方式之一,研究染色體 DNA 甲 基化情況是瞭解基因調控的重要手段。對已經有參考基因組的物種的基因組 DNA 用標準亞 硫酸氫鹽(Bisulfite)處理後,未甲基化的胞嘧啶 C 會脫氨基形成尿嘧啶 U,經 PCR 擴增, U 替換為胸腺嘧啶 T,而發生甲基化的胞嘧啶 C 保持不變。將處理組與參考基因組序列進 行比對,可發現甲基化位點並對甲基化情況進行定量分析的方法叫做全基因組甲基化測序。
ChIp-Seq:Chromatin Immunoprecipitation sequencing,即染色質免疫共沉澱-測序技術, 即通過染色質免疫共沉澱技術特異性地富集目的蛋白結合的 DNA 片段。對富集得到的 DNA 片段進行純化與文庫構建,然後進行高通量測序,從而得到全基因組範圍內可以與目的蛋白 相互作用的 DNA 片段的方法叫做 ChIP-Seq。
GO 注釋:GO分類系統主要包括三大類別分別是:Biological Process,Cellular Component和Mollecular Function(表中分別用縮寫BP,CC,MF表示)。GO分類系統是一種有向無環圖的網路結構。此分析中GO分類是選取GO的二級結點。 方法:根據Unigene與Swissprot資料庫的比對進行GO註解,然後將GO註解的結果交WEGO進行GO的分類。
Pathway 注釋:是指對功能基因參與的信號通路等進行分析注釋。
甲基化率:是指在甲基化測序中,發生甲基化的胞嘧啶占所有胞嘧啶的比率。
CpG 島:CpG island 是指 DNA 上一個區域,此區域含有大量相聯的胞嘧啶(C)、鳥嘌呤(G),以及使兩者相連的磷酸酯鍵(p)。基因組中長度為 300~3000 bp 的富含 CpG 二核 苷酸的一些區域,主要存在于基因的 5’區域。啟動子區中 CpG 島的未甲基化狀態是基因轉 錄所必需的,而 CpG 序列中的 C 的甲基化可導致基因轉錄被抑制。